Comparative genomics of clinical and environmental isolates of Vibrio spp.: implications of traits associated with virulence and resistance
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Pérez Duque, Alejandra María | 2021-12-02
spa:El género Vibrio comprende más de 100 especies bacterianas presentes en hábitats
acuáticos y marinos como organismos de vida libre o asociados a organismos acuáticos,
pese a que la mayoría de estas especies son consideradas no patógenas, existe una
preocupación generalizada por el aumento en los casos de infecciones humanas y
enfermedades en organismos acuáticos causadas por especies patógenas de Vibrio en el
mundo, la emergencia de linajes epidémicos y la gran diversidad del género. Colombia no
está exento de posibles brotes de cólera o vibriosis dada su ubicación geográfica y la
presencia de las costas Pacífico y Atlántico. Por lo tanto, se ha establecido una vigilancia
activa por parte del Instituto Nacional de Salud. En muestreos realizados durante 2010 y
2013, encontraron aislamientos de Vibrio circulando en el país, estos aislamientos no han
sido caracterizados a nivel de genoma. Este estudio se enfoca en la diversidad genómica
de aislamientos de Vibrio spp. para determinar sus relaciones genéticas e identificar
potenciales rasgos de virulencia y resistencia. Sesenta aislamientos de Vibrio spp
provenientes de muestras clínicas y ambientales de las costas Pacífico y Atlántico de
Colombia fueron secuenciados, ensamblados y anotados. Se llevaron a cabo análisis de
pangenoma y filogenómica para cada especie. Se caracterizaron las especies más
importantes en salud pública de acuerdo con el esquema de tipificación multilocus y
filogenómica. Se encontraron seis especies de Vibrio (V. parahaemolyticus (17), V.
vulnificus (9), V. fluvialis (16), V. furnissii (6), V. alginolyticus (10) y V. diabolicus (4). En V.
parahaemolyticus encontramos aislamientos pertenecientes al clon pandémico ST3 y
ST120 y en V. vulnificus encontramos aislamientos pertenecientes al Linaje 1 y 2. El
pangenoma de cada especie mostró que todos los aislamientos compartían importantes
categorías relacionadas con virulencia. Se encontraron genes de virulencia homólogos
entre las especies incluso en especies clasificadas como no patógenas como V. diabolicus.
Se encontraron categorías relacionadas con mobiloma, elementos móviles y genes de
resistencia asociados a plásmidos tanto en aislamientos ambientales como en clínicos.
Este estudio permitió identificar posibles focos de vibriosis contribuyendo al fortalecimiento
del sistema de vigilancia intensificada implementado por el Instituto Nacional de Salud de
Colombia para predecir futuros brotes de vibriosis en el país.
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