Comparative genomics of clinical and environmental isolates of Vibrio spp.: implications of traits associated with virulence and resistance
Artículo de revista
2021-12-02
spa:El género Vibrio comprende más de 100 especies bacterianas presentes en hábitats
acuáticos y marinos como organismos de vida libre o asociados a organismos acuáticos,
pese a que la mayoría de estas especies son consideradas no patógenas, existe una
preocupación generalizada por el aumento en los casos de infecciones humanas y
enfermedades en organismos acuáticos causadas por especies patógenas de Vibrio en el
mundo, la emergencia de linajes epidémicos y la gran diversidad del género. Colombia no
está exento de posibles brotes de cólera o vibriosis dada su ubicación geográfica y la
presencia de las costas Pacífico y Atlántico. Por lo tanto, se ha establecido una vigilancia
activa por parte del Instituto Nacional de Salud. En muestreos realizados durante 2010 y
2013, encontraron aislamientos de Vibrio circulando en el país, estos aislamientos no han
sido caracterizados a nivel de genoma. Este estudio se enfoca en la diversidad genómica
de aislamientos de Vibrio spp. para determinar sus relaciones genéticas e identificar
potenciales rasgos de virulencia y resistencia. Sesenta aislamientos de Vibrio spp
provenientes de muestras clínicas y ambientales de las costas Pacífico y Atlántico de
Colombia fueron secuenciados, ensamblados y anotados. Se llevaron a cabo análisis de
pangenoma y filogenómica para cada especie. Se caracterizaron las especies más
importantes en salud pública de acuerdo con el esquema de tipificación multilocus y
filogenómica. Se encontraron seis especies de Vibrio (V. parahaemolyticus (17), V.
vulnificus (9), V. fluvialis (16), V. furnissii (6), V. alginolyticus (10) y V. diabolicus (4). En V.
parahaemolyticus encontramos aislamientos pertenecientes al clon pandémico ST3 y
ST120 y en V. vulnificus encontramos aislamientos pertenecientes al Linaje 1 y 2. El
pangenoma de cada especie mostró que todos los aislamientos compartían importantes
categorías relacionadas con virulencia. Se encontraron genes de virulencia homólogos
entre las especies incluso en especies clasificadas como no patógenas como V. diabolicus.
Se encontraron categorías relacionadas con mobiloma, elementos móviles y genes de
resistencia asociados a plásmidos tanto en aislamientos ambientales como en clínicos.
Este estudio permitió identificar posibles focos de vibriosis contribuyendo al fortalecimiento
del sistema de vigilancia intensificada implementado por el Instituto Nacional de Salud de
Colombia para predecir futuros brotes de vibriosis en el país. eng:There is widespread concern about the increase in cases of human and animal infections caused by pathogenic Vibrio species due to the emergence of epidemic lineages. In Colombia, active sur-veillance by the National Institute of Health (INS) has confirmed the presence of Vibrio; however, in routine surveillance, these isolates are not genomically characterized. This study focused on the pangenome analysis of six Vibrio species: V. parahaemolyticus, V. vulnificus, V. alginolyticus, V. fluvialis, V. diabolicus and V. furnissii to determine the genetic architectures of potentially virulent and an-timicrobial resistance traits. Isolates from environmental and clinical samples were genome se-quenced, assembled and annotated. The most important species in public health were further characterized by multilocus sequence typing and phylogenomics. For V. parahaemolyticus, we found the virulent ST3 and ST120 genotypes. For V. vulnificus, we identified isolates belonging to lineages 1 and 2. Virulence gene homologues between species were found even in non-pathogenic species such as V. diabolicus. Annotations related to the mobilome, integrative mobile and conjugative elements and resistance genes were obtained from environmental and clinical isolates. This study contributes genomic information to the intensified surveillance program implemented by the INS to establish potential sources of vibriosis in Colombia.
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Descripción: Articulo principal: Comparative genomics of clinical and environmental isolates of Vibrio spp.: implications of traits associated with virulence and resistance
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Descripción: Carta-autorizacion-repositorio.pdf
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